黔南布依族苗族自治州辖地历史源远流长，自古以来就是少数民族先民居住的区域。

据《贵州古代史》考定，早在殷、周时期，境内就已有许多部族活动，分属于夜郎等方国，在现黔南州福泉市还保存着古夜郎国唯一的遗迹“竹王城”。唐朝之后，中央政府加强对少数民族的统治，唐宋元明时期的州境内设立了多个羁縻府、州、县、峒、卫、所。元代黔南开始推行土司制度，境内分属八番顺元等处宣慰都元帅府、都云定云安抚司、新天葛蛮安抚司、播州宣慰司和庆云南丹安抚司，至明代贵州建省前，黔南地域主要设置了卫所军事机构，黔南分属于贵州卫、龙里卫、平越卫、都云卫、新添卫、定番州、广顺卫等。明弘治年间，贵州推行“改土归流”，部分土司统治地区改设府（县）。如都匀府、新贵县、贵定县和荔波县等。雍正四年，清政府在黔南境内强行大规模推行“改土归流”，废除土司世袭的安抚司、长官司等，代之以流官统治，撤消“卫所”等军事地域，将其并入府州厅县等行政区域，黔南地区分属于贵阳府、都匀府、独山府和平越府。民国三年，将清代的府州厅县一律改为县。1935年，国民党中央政府入主贵州，改设行政督察区，黔南州地域分属于第一、第七和第十一行政督察区，第一行政督察专员公署驻定番县（惠水县），辖今惠水、龙里、罗甸、长顺等县，第七行政督察区专员公署设在乎越县（福泉市），辖今福泉、贵定和瓮安等县（市）。

     1949年11月15日，都匀县城解放，随即成立独山专区，专员公署设于都匀县城，辖民国时期的第二行政督察区的10个县，即都匀、独山、平塘、罗甸、三都、荔波、麻江、榕江、从江、丹寨，当时的瓮安、贵定、龙里、惠水和长顺等县隶属贵阳专区。1952年，独山专区改称都匀专区，贵阳专区改称贵定专区，专员公署移驻贵定，撤消惠水县，改设惠水县夷族苗族自治区。1954年，改称惠水县布依族苗族自治区，这是黔南境内设置的第一个民族自治区。同年，罗甸县也改称罗甸布依族自治区。至黔南布依族苗族自治州成立前夕，都匀、三都、独山、平塘、荔波、福泉6县隶属都匀专区；贵定、龙里、瓮安、长顺、惠水、罗甸6县人民委员会驻都匀县。将原都匀专区所属望谟、册亨、安龙、贞丰4县。原贵定专区所属罗甸、长顺、惠水3县及原属安顺专区的紫云、镇宁2县划入黔南布依族苗族自治州，全州共辖14县。1957年，册亨县迁驻者楼镇。1957年1月2日，由三都县及荔波、都匀、榕江、独山等县部分地区合并设立三都水族自治县，黔南布依族苗族自治州辖13县、1个自治县。1958年，撤销都匀县，改设都匀市。自治州人民委员会驻地都匀市。将惠水县划归贵阳市，安龙、镇宁2县划归安顺专区，原属安顺专区的瓮安、贵定2县划入黔南布依族苗族自治州。撤销荔波县并入独山县；撤销平塘县并入兴仁县；撤销册亨县并入安龙县。黔南布依族苗族自治州辖l市、11县、1个自治县。1961年，恢复荔波、平塘、紫云、龙里、福泉等5县。黔南布依族苗族自治州辖1市、11县、l自治县。1962年，撤消都匀市恢复都匀县。黔南布依族苗族自治州辖12县、1自治县。1963年，原属贵阳市的惠水县和原属安顺专区的贞丰、册亨、安龙3县划入黔南布依族苗族自治州，辖l6县、1自治县。1965年，将贞丰、册亨、安龙、望谟4县划归兴义专区，紫云县划归安顺专区。黔南布依族苗族自治州辖11县、1个自治县。1966年，复设都匀市。黔南布依族苗族自治州人民委员会驻都匀市，辖1市、11县、l自治县。1996年，撤消福泉县设立福泉市，以原福泉县的行政区域为福泉市的行政区域。

截至2014年12月31日，黔南布依族苗族自治州辖2个县级市、9个县、1个自治县，即都匀市、福泉市和荔波、平塘、龙里、独山、瓮安、贵定、惠水、长顺、罗甸及三都水族自治县。各县、市共计辖16个办事处、80个镇、8个乡、4个民族乡。